A Comissão Parlamentar de Inquérito (CPI) do Pedágio, presidida pelo deputado estadual Nelson Luersen (PDT), questionou a falta de documentação que comprovasse que atos administrativos tomados pelo Departamento de Estradas de Rodagem (DER) tivessem sido publicados em Diário Oficial. Pedidos de informações foram feitos pela CPI, mas nenhuma cópia das publicações oficiais foi encaminhada para a CPI - o que dava claros indícios de irregularidades.

Os dados foram analisados posteriormente pela Força Tarefa do Ministério Público (MP) federal que comprovou que pelo menos 13 atos “secretos” modificaram os contratos de concessão das rodovias federais no Paraná desde 1998. Apesar de estarem ligados geralmente a grandes obras, nenhum desses atos foi publicado no Diário Oficial do Estado e nem recebeu aval do governo federal, contrariando o que estava previsto nos contratos originais. A maioria dos atos teria servido para eliminar ou adiar obras.

As alterações teriam ocorrido em todos os governos estaduais desde o início da cobrança do pedágio, em 1998, na gestão de Jaime Lerner. No entanto, os atos irregulares, sem publicação oficial e sem anuência da União, começaram em 2003 e continuaram até 2014. "Quando investigamos o pedágio no Paraná e verificamos a ausência destes documentos e formalizações oficiais, ficamos perplexos. Não dá para imaginar que nem ao menos os ritos contratuais foram cumpridos pelo governo do Estado, responsável por administrar e gerir os contratos de pedágio do Paraná", disse Luersen.

No contrato com as concessionárias, o Ministério dos Transportes é citado como o responsável por “aprovar ou desaprovar propostas de alteração do programa original”. No entanto, em reunião com os procuradores federais, o Ministério dos Transportes confirmou que não tinha conhecimento de nenhuma das alterações.

O estudo publicado na Gazeta do Povo e divulgado pelo Ministério Público dá como exemplo o contrato da Ecocataratas onde todos os investimentos em duplicação foram trocados pela redução de 30% na tarifa do pedágio. Essa mudança vigora até hoje apenas pela ata de uma reunião de 2005 que foi confirmada judicialmente. Para evitar que novos atos "secretos" sejam emitidos, foi protocolada uma ação na Justiça Federal que inibe novas alterações contratuais.